液相色谱仪用的基质主要有如下几种：
1 硅胶
硅胶是HPLC填料中zui普遍的基质。除具有较高强度外，还提供一个表面，可以通过成熟的的硅烷化技术键合上各种配基，制成反相、离子交换、疏水作用、亲水作用或分子排阻色谱用填料。硅胶基质填料适用于广泛的极性和非极性溶剂。缺点是在碱性水溶性流动相中不稳定。
2 氧化铝
具有与硅胶相同的良好物理性质，也能耐较大的pH的范围。它也是刚性的，不会再溶剂中收缩或膨胀。但与硅胶不同的是，氧化铝键合相在水性流动相中不稳定，不过现在已经出现了在水相中稳定的氧化铝键合相，并显示出的ph稳定性。
3 聚合物
以高交联度的苯乙烯—二乙烯本或聚甲基丙烯酸酯为基质的填料是用于普通压力下的HPLC，他们的压力限度比无机填料低。苯乙烯—二乙烯苯基质疏水性强。使用任何流动相，在整个pH范围内稳定，可用NaOH或强碱来清洗色谱柱。甲基丙烯酸酯基质本质上比苯乙烯—二乙烯本疏水性更强，但它可以通过适当的功能基修饰变成秦水性的。这种基质不如苯乙烯—二乙烯那样耐酸碱，但也可以承受在pH=13下反复冲洗。
所有聚合物基质在流动相发生变化时都会出现膨胀或收缩。用于HPLC的高交联度聚合物填料，其膨胀和收缩要有限制。溶剂或小分子溶剂渗入聚合物基质中，因为小分子在聚合物基质中的传质比在陶瓷性基质中慢，所以造成小分子在这种基质中柱效低。对于大分子像蛋白质或合成的高聚物，聚合物基质的效能比得上掏出小基质，因此，聚合物基质广泛用于分离大分子物质。
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