开始试验前,应了解柱中当前是何种溶剂。对于新色谱柱,如无特殊说明均为评价报告中所用流动相。柱中当前溶剂一定要与分析样品所用流动相互溶,如不能混溶,要用与二者均能相互混溶的第三种溶剂过渡。异丙醇是能与各种溶剂混溶的试剂,可作为中介流动相使用。反相键合硅胶柱适宜的保存环境是纯甲醇,如分析用流动相为缓冲液2有机溶剂,可先用较低甲醇含量(<20%)的甲醇2水置换掉原来的纯甲醇,再进分析用流动相，以防止在柱内发生盐的沉淀；试验结束后,要及时用适当的溶剂冲洗系统并最终过渡到纯甲醇冲洗,对于含有缓冲盐的流动相，办法是先用与分析用流动相组成完全相同但不含缓冲盐的溶液进行冲洗，再逐步过渡到纯甲醇冲洗。多数报道冲洗液体积大约为柱容积的15～20倍,但最终要以基线是否平直、压力是否稳定决定。有些厂家的色谱柱标明了流动相中有机相的较低使用浓度为≥5%,使用时应给予注意。
注意温度和酸碱度
一般以硅胶为基质的色谱柱使用温度不超过60℃，以低于40℃为宜，特别是在流动相pH接近使用限度时，更应降低使用温度。温度过高会加快键合相的水解和硅胶的溶解，从而，使填料性质改变，柱床塌陷，降低柱效，改变峰形。目前的键合硅胶色谱柱标示的pH适用范围可达2～10,但在实际使用时应避免pH条件,特别是在偏碱性的条件(pH≥8)下使用,如必须要在不正常的pH条件下使用时,可通过以下方法避免柱损害：
(1)在泵和进样阀之间加装预柱(饱和柱)来饱和流动相；
(2)降低使用温度；
(3)检验完毕后立即用与所使用的流动相互相混溶的“温和溶剂”彻底清洗；
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