自动进样器的常见故障有两大方面：一零件磨损包括针头、针座、爪套、计量泵和六通阀转子的磨损。
1）针座与针结合的部位近似于橡胶材质，这样在方法运行的时候，即使系统内部承受很大的压力，仍然能够保证流动相不会由结合的部位渗漏。
2）但是针座也是有寿命的，针头一次次的扎下去又提起来，对针座肯定会产生磨损。一般针座的使用寿命与使用时间的长短和使用次数都有很大的关系。
3）针头使用时间长了也会有磨损，针头在长时间的使用过程中会与针座侧壁发生摩擦，加剧针座的磨损，发现针座的非正常磨损时一定要注意及时检查更换针头。
4）自动进样器使用时间长了以后还会有爪套磨损的问题，爪套磨损以后导致进样小瓶抓不牢或者抓到半途小瓶掉落。爪套磨损一方面是时间长了橡胶老化和正常使用磨损的原因，另一方面与使用了规格大小不正确的小瓶有关系。
5）自动进样器上有一个计量泵，与输液泵的柱塞杆活动频率相比，计量泵的使用频率非常的低，几乎可以低到忽略不计，但是这个密封垫圈一样会有磨损，使用三五年的仪器有时会发现这个位置漏液，但是这种问题发生的频率非常低。
6）六通阀转子的磨损比柱塞杆的磨损频率要高很多，问题也明显。有时你发现使用时间较长的仪器做外标不准，仔细观察针头，在针从样品瓶中提起来时针头上悬挂有液滴，这时候就要考虑更换转子了，具体更换方法就无需赘述了。
另一种就是机械故障。这里所讲的机械故障主要是指自动进样器的机械手臂上的问题。
仪器报马达过热错误、抓瓶不准、进样瓶不能准确的放回至进样盘；移动卡滞、生涩、噪音大；样品瓶与针座不能对准，出现针扎弯等现象；样品瓶与针座错位等等。
您是否尝试过在导杆和螺纹杆上涂抹机油、润滑脂等、做校准，而问题未能得到解决？
那么原因出在哪呢？
1. 附着物：
在不干净的实验室环境下，由于挥发性样品以及潮湿的空气将灰尘附集在机械臂上。
2. 生锈：
分析酸碱性样品，瓶垫反复使用、使用未加瓶盖的样品瓶，样品分析完后长时间放置在样品盘上，样品长时间挥发出来而腐蚀机械部件。
3. 使用与Agilent自动进样器不匹配的样品瓶、瓶盖：
这类样品瓶和原装样品瓶的区别主要体现在瓶子直径、高不同。瓶盖边缘形态为直角，而原装瓶盖边缘是有一弧度的。
以下两个现象都是典型的因使用非标准样品瓶和瓶盖而引起的机械臂过早磨损和错位。
皮套磨损、爪子错位（正常情况下，三个爪子呈等边三角形）
瓶子与瓶盖与机器不匹配，一次使用往往不会报错，如果这时大家以为这些瓶子、瓶盖可以使用，那就很危险了。实际上，使用不匹配的样品瓶、瓶盖，每进次样都是对仪器的一次损耗，缩减寿命，继而如此，机械臂就会开始报错至需要换了。
改善机器使用环境，注意灰尘。例如，别将机器背面对准窗户。
使用并拧紧瓶盖，勤换瓶垫；分析完后及时取出。有一定酸碱性的样品，是要特别重视这点。
使用符合要求的样品瓶、瓶盖、瓶垫。
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