常用的酶有：
1.辣根过氧化物酶（HRP）： 目前酶联免疫吸附试验中应用最广泛的标记用酶。由无色的糖蛋白(主酶)和亚铁血红蛋白(辅基)结合而成的复合物。辅基是酶活性基团，而主酶则与酶活性无关，HRP的纯度用RZ(HRP分别在403nm和275nm处的吸光度比值)表示，RZ值应大于3.0 。
RZ值仅说明血红素基团在HRP中的含量 ，并非表示HRP制剂的真正纯度，而且RZ值高的HRP并不意味着酶活性也高，RZ值与酶活性无关 。
酶活性以单位U表示： 即1分钟将1μmol底物转化为产物所需的酶量。酶变性后，RZ值不变但活性降低 ，因此使用酶制剂时，酶活性单位比RZ值更为重要。
2.碱性磷酸酶（AP）：大肠杆菌来源 的AP分子量80kD，酶作用最适pH为8.0 ；小牛肠黏膜AP分子量为100kD，最适pH为9.6 ；后一种AP的活性高于前者。
3.β-半乳糖苷酶（β-Gal） ：β-Gal来源于大肠杆菌。因人血中缺乏此酶，以其制备的酶标志物在测定时不易受到内源性酶的干扰，从而提高特异性，被用于均相酶免疫测定 。
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