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病毒的靶器官以神经系统、肌肉和其他系统为主。
其中脊髓灰质炎病毒可损害脊髓前角运动神经细胞，导致脊髓灰质炎即小儿麻痹症。
手足口病：柯萨奇A16病毒，新型肠道病毒71。
疱疹性咽峡炎：柯萨奇A病毒。
心肌炎及心包炎：柯萨奇B病毒。
无菌性脑炎：柯萨奇B病毒、ECHO病毒。
新生儿全身感染性疾病：柯萨奇B病毒、ECHO病毒。
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