ALP早在本世纪30年代就用于临床，是临床医师非常熟悉的酶之一，在70年代前ALP是世界上临床测定次数最多的酶，主要用于骨骼和肝胆系统疾病的诊断和临床鉴别诊断，可参见下表：

ALP和骨化过程密切相关，很多骨骼疾病如变形性骨炎（Paget病）、副甲状旁腺功能亢进、佝偻病、软骨症、原发性和继发性骨肿瘤、骨折和肢端肥大症的患者血中ALP都可升高，尤其是变形性骨炎，增高非常明显，可达正常上限值的50倍。此病在我国少见，我国常用于早期诊断佝偻病和软骨病，ALP升高早于血钙、磷变化以及X线检查，是一个很灵敏的诊断指标，但应注意骨质疏松患者血中ALP一般都在正常范围内。

目前ALP测定主要用于黄疸的鉴别诊断，阻塞性黄疸时血清ALP常早期明显升高，甚至可达正常上限值的10-15倍，在完全阻塞性黄疸病例中，80%病例血中ALP超过正常上限5倍。一般而言血清ALP持续低于正常上限值2倍时，阻塞性黄疸可能性较小，肝性黄疸时ALP轻度升高，一般不超过正常上限的2-3倍，约有半数原发性肝癌血中ALP升高，升高程度也常较明显，甚至可达正常上限值的15-20倍。如在无黄疸肝脏疾病人血中发现有ALP升高应警惕有无肝癌可能。

ALP升高还可见于其它疾病，如急慢性胰腺炎、慢性肾衰、肠梗塞、肺梗塞等疾病，但无太大临床价值，某些药物如孕激素、雌激素、胎盘白蛋白等也可引起血中ALP升高。

血ALP下降见于甲状腺功能低下、恶性贫血和遗传性碱性磷酸酶减少症等。