比色杯必须配套使用，否则将使测试结果失去意义。在进行每次测试前均应进行比较。
具体方法如下；分别向被测的两只杯子里注入同样的溶液，把仪器置于某一波长处，石英比色杯；220nm、700nm装蒸馏水，玻璃比色杯：700nm处装蒸馏水，将某一个池的透射比值调至100%，测量其他各池的透射比值，记录其示值之差及通光方向，如透射比之差在±0.5%的范围内则可以配套使用，若超出此范围应考虑其对测试结果的影响。
以下几个问题应引起仪器操作人员注意：
1）比色皿架及比色皿在使用中的正确到位问题。有些使用者对这个问题不够重视，因操作不当造成偶然误差，严重影响分析结果。首先，应保证比色皿不倾斜放置。稍许倾斜，就会使参比样品与待测样品的吸收光径长度不一致，还可能使入射光不能全部通过样品池，导致测试比准确度不符合要求。其次，应保证每次测试时，比色皿架推拉到位。若不到位，将影响到测试值的重复性或准确度。最后,还应保证比色皿的清洁度,延长其使用寿命.
2）干燥剂的使用问题。干燥剂失效将导致a）数显不稳、无法调“0”点或“100%”点（电路或光电管受潮）。b）反射镜发霉或沾污，影响光效率、杂散光增加。鉴于上述原因，分光光度计的放置地点应远离水池等湿度大的地方、干燥剂应定期更换或烘烤。
3）仪器的工作环境。应避免阳光直射、避免强电场、避免与较大功率的电器设备共电、避开腐蚀性气体等。
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