三．用CELLQuest进行仪器的设定和调整
1 ．从苹果画面中选取CELLQuest，进入CELLQuest后在File指令栏中打开合适的获取模式文件。
2 ．从屏幕上方Acquire指令栏中，选取ConnecttoCytometer（快捷键：＋B）进行电脑和仪器的连机。将出现的AcquisitonControl对话框移至合适位置。
3 ．从Cytometer指令栏中，开启Detectors/Amps、Threshold、Compensation、Status等四个对话框，并将它们移至屏幕右方，以便获取数据时随时调整获取条件。也可以用+1，2，3，4获得此四个对话框。
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．在Detectors/Amps对话框中，先为每个参数选择适当的倍增模式(amplifiermode)：线性模式Lin或对数模式Log。一般进行细胞表面抗原分析如分析外周血的淋巴细胞亚群时，FSC和SSC多以线性模式Lin测量，且DDMParam选择FL2，而FL1,FL2与FL3则以对数模式Log测量；分析细胞DNA含量时，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3皆以Lin进行测量，且DDMParam选择FL2；分析血小板表型时，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3等均以Log进行测量。
5 ．放上待检测的样品，将流式细胞仪设定于RUN，流速可在HIGH或LOW上。
6 ．在AcquisitonControl对话框中，选取Acquire，开始获取细胞。在以下的仪器调整过程中随时选取Pause，Restart以观察调整效果。未完全调整好之前不要去掉SETUP前的“3”。
7 ．在Detectors/Amps对话框中，调整FSC和SSC探测器中的信号倍增度：PMTvoltages（粗调）与AmpGains（细调），使样品信号出现在FSC-SSC点图内,且三群细胞合理分布。
8 ．在Threshold对话框中选择适当的参数设定Threshold，并调整Threshold的高低，以减少噪音信号（细胞碎片）。一般做细胞表型时用FSC－H而做DNA时用FL2－H。Threshold并不影响检测器对信号的获取，但可改善画面质量。
9 ．从屏幕左列绘图工具中选取Region（区域），并在靶细胞周围设定区域线，即通常所说的门。圈定合适的细胞群可使仪器调整更为容易。
10 ．在Detectors/Amps对话框中，调整荧光检测器（FL1,FL2,FL3,FL4等）的倍增程度。根据所用的荧光阴性对照样品调整细胞群，使之分布在正确的区域内。
11 ．在Compensation对话框中，根据所用的调补偿用标准荧光样品调整双色（或多色）荧光染色所需的荧光补偿。比如应该为FL1+FL2-的细胞群却分布在FL1＋FL2＋区域内，则需调大FL2－？％FL1中的“？”，并从FL1-FL2点图中观察新的调整是否恰当
12 ．在Status对话框中可见：LaserPower:正常值—Run/Ready为14.7mW，Standby为5mW；Lasercurrent:正常值为6Amps左右。
13 ．调整好的仪器设定可在InstrumentSettings对话框中储存，下次进行相同实验时可调出使用，届时只需微调即可。
X.本计算机中已有三个名叫储存于FACStationG3\BDApplications\CELLQuestFolder\IMM-InstrSettings及FACStationG3\BDFiles\InstrumentSettingsFiles\CalibFile和Mast-Cell-Set的参数文件，前二者可用于分析人白细胞，后者用于分析小鼠肥大细胞。
四．通过预设的获取模式文件进行样品分析
1 ．从苹果标志中选择CELLQUEST，新视窗出现后从File指令栏中选择Open，打开预设的获取模式文件。
2 ．从屏幕上方Acquire指令栏中，选取ConnecttoCytometer进行电脑和仪器的连机。将出现的AcquisitonControl对话框移至合适位置。
3 ．从Cytometer指令栏中选取InstrumentSettings，在其对话框中选择Open以调出以前存储的相同实验的仪器设定，按Set确定。
4 ．在Acquire指令栏中，选择Acquisition&Storage决定储存的细胞数，参数，信号道数。其中Resolution在做细胞表面标志时选择256，做DNA时选择1024。ParameterSaved…则根据不同的检测对象选择不同的参数。
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