直接测量
四级杆质谱仪可作为直接测量仪器使用。
通过搭配不同的离子源,四级杆质谱仪则作为一般的分析化学工具使用。尤其在长期测量中,四级杆质谱仪产生的数据量要显著小于其他并行测量质谱(飞行时间质谱等)。
多级质谱
由于四级杆质谱仪的解析能力(Resolving Power)偏低,因此在确定未知物质时的能力有所欠缺。通过多级质谱,离子在两组四级杆系统中间通过独立的腔体进行裂解操作。由此对特定质量的离子所产生的碎片进行分析,可得到该离子的结构信息。
裂解方法有注入气体与离子发生碰撞的撞击裂解法(Collision Induced Dissociation, CID),也有直接通过电子枪射出电子裂解的方法(Electron Dissociation)。
多级质谱在生物化学以及有机化学中起到了至关重要的作用。