所有的仪器都会随着使用时间的延长容易出现故障或性能下降，荧光PCR仪器的工作原理是以热模块为基础的荧光信号倍增获得结果，因此热模块和光路的维护便显得十分重要。PCR扩增管在实验操作过程中，都会不同程度的沾有尘埃或污渍，热模块沾污纳垢，导致热传导或均一性下降，因此定期清洁是PCR仪获得持续质量保证的重要条件，清洁方法应在仪器厂家技术人员进行或经培训后科学操作。光学模块必须由仪器厂家进行定期检查和维护，特别是热盖和荧光采集镜头一体的PCR仪器，随着使用频次的增加，采光镜头容易出现“镜头起雾”现象，严重影响光信号采集，导致荧光信号的下降，甚至导致假阴性。
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