电子显微镜，简称电镜，是根据电子光学原理，用电子束和电子透镜代替光束和光学透镜，使物质的细微结构在非常高的放大倍数下成像的显微镜，电子显微镜由电子流代替可见光，由磁场代替透镜，让电子的运动代替光子，这样就可以看到比光学系统能看到的更小的物体。其放大倍数比较大，基本都是上万倍。
数码显微镜，是通过光学镜头，把影像通过CCD 或者CMOS图像传感器转换为模拟信号，然后传输到电脑中。实际上就是在光学显微镜的基础上加了一个数码成像装置，可以将显微镜所成的像，在电脑屏幕上直接显示出来（In就推出过一款类似儿童玩具的 “数码显微镜”），其基础还是光学显微镜，和电子显微镜的成像原理是有根本区别的。在这里我们要区别清楚分辨率和放大倍数的问题。细微物体在放大成像时，其zui高分辨率取决于所反射的光波的波长，波长越短，分辨率就越高，电子显微镜是利用了波长比普通可见光短得多的X 射线成像，当然具备很高的分辨率，而普通 “数码显微镜”的放大倍数可以很大，但分辨率是无法提高的。
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