HPV主要通过性接触在生殖器间传播。
与生殖器疣患者性交传染生殖器疣的准确风险未知，但有研究估计在65%或更高。
针对子宫颈HPV病变女性的大多数研究表明，其伴侣大约64%～70%出现HPV阴茎病变，由于病变很小，双方都难以发现其存在。
暴露于HPV后4周到8个月内通常会发展成生殖器疣。但一些人可能处于潜伏期数年甚至几十年，所以一般不可能准确发现暴露者何时从何处感染了HPV。
伴侣一方出现的HPV病变很可能传染给另一方。一些研究表明其HPV不会在伴侣间反复传染。感染同一型更多的病毒似乎不会延迟病变的消除，其原因是疣或子宫颈病变的消除主要依赖治疗的效果及个人免疫反应对病毒的抑制能力，而不是同一型HPV的病毒数量多少。这些知识对伴侣非常重要，可以减轻对对方HPV性传播的恐惧。但是在疾病完全痊愈前更换性伴侣有可能带给对方新的风险。
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