子宫颈的治疗方式取决于活检发现的细胞异常的程度，以及医生的经验及病人的意愿。通常推荐使用以下方法：单一观察、冷冻治疗、LEEP（电外科切除）、激光灼烧以及锥形切除术。
①低度HPV子宫颈改变（CIN 1，轻度不典型增生）
不治疗或单一观察：生殖道疣及低度子宫颈改变通常能够自愈。据估计50%～70%的这类病变会自发性消退。非治疗性随访包括每隔6个月的Pap，可伴或不伴阴道镜检查。由于持续的病变容易进展为高度不典型增生，如果在2年以上的随访中低度病变仍未消失时需要进行治疗。
冷冻治疗：现在CIN有多种治疗方法，包括冷冻治疗，激光烧灼、LEEP，这些方法的失败率为5%～15%。冷冻治疗对不适合其它方式的非严重病人的治疗效果与激光及LEEP相当，但对情况差的病人通常疗效不佳。当需要治疗时，无论是由于医生或病人意愿，还是由于超过2年随访病变持续，冷冻治疗都是最常用的治疗CIN
1的方法。冷冻治疗的优点在于可靠、操作简单、并发症少、价格低廉，能够在不摧毁细胞的情况下残留大量的死亡HPV而增加机体对HPV的免疫反应。其缺点和激光一样，烧灼的方法不能得到组织样本，有可能会漏诊肿瘤。仪器、操作及术后情况如下：
仪器：冷冻治疗使用冷冻的方法破坏病变及转化带细胞。仪器简单价廉，易于操作和维护。它包括一个N2O筒，能够在冷冻探头尖产生非常低的温度。
操作：手术最好预约在末次月经后的月经周期的前半部分。手术会产生轻到中度的下腹压痛及烧灼感，最好能在术前1小时服用布洛芬等非甾体炎类抗炎药来减少绞痛的出现。一般在-65℃～-85℃下对4～5mm范围之内的子宫颈进行冷冻。有的临床医生选择持续5分钟冷冻，有的医生选择先冷冻子宫颈2～3分钟，间隔5分钟后再冷冻2～3分钟。
说明及手术并发症：病人只会在下腹部有轻到中度的压痛或烧灼感，通常出现在两步烧灼法的第一步，当宫颈复温时会出现脸部潮红，可能伴有短暂绞痛。术后常见迷走神经反应（眩晕感），最好能平躺几分钟至脸部潮红及眩晕感消失。
由于去除了平时起到抑制作用的皮肤保护性表皮层，阴道可能会几乎立即出现潮湿的排出物。排出物每天需要2～6张垫子，持续1～4周，一般最初几天稀薄，含水量多，有时呈粉红色；然后呈黄色，数量减少，黏稠而有气味。
感染只会在1%～3%病例中出现，但在高危STDs人群中比例升高。一些医生在术前筛查衣原体感染以降低术后盆腔炎的发生率。如果出现以下情况病人应求助于医生：持续下腹痛、发热超100华氏度、严重的出血。有气味的排出物及轻度的术后绞痛通常并非感染引起。
如果排出物很多可能会丢失大量体液，这可以通过多喝水来补偿；同样，排出物导致的钾丢失可以通过药物或每天一个香蕉来补充。2～3周内不应在阴道内置入任何物品。
冷冻治疗在宫颈处的结痂可能会因为不恰当的压力排出，在2周内应该避免性交以及月经栓或其它物品进入阴道。
冷冻后随访：4～6周内子宫颈外观会恢复正常，但显微镜下改变仍然存在，痊愈需要4个月甚至更长的时间，因此在冷冻后4～6个月内最好不要重复Pap。随访的重要性在于确定异常消失，大多数医生会建议在恢复常规每年1次的Pap前进行2～3次间隔期为4～6个月的Pap。在冷冻治疗后最初2年，得到3～4次正常Pap非常重要，能够最大程度说明子宫颈是正常的。任何治疗子宫颈HPV改变的妇女此后都应该继续每年1次的Pap。
术后首次随访Pap易出现干扰性Pap，最常见的异常Pap有ASCUS，明显的非典型增生伴LSIL等。除了出现侵袭性肿瘤外，都不必对冷冻治疗后的异常Pap过度紧张。许多妇女常为了可以自愈的改变每隔4个月去做不必要的烧灼或切除术。
有证据表明冰冻能够提高局部免疫力，所以即使是持续的HPV病变在一段时间后也会被免疫抑制。
②高度病变的治疗（CIN 2或3，中度或严重不典型增生，原位癌）
高度不典型增生被认为有很高的癌变风险。CIN 2或3的治疗选择依据有包括病变在子宫颈内管出现与否以及宫颈病变的大小和部位。
病变是否在宫颈内管出现：这通常取决于子宫颈内管刮片（ECC）是否发现病变。冷冻治疗，LEEP或激光烧灼所治疗的门诊病人有可能在ECC阴性、在宫内3～4mm范围未发现病变、而且Pap活检结果及阴道镜检查都排除子宫颈癌或腺体不典型增生（原位腺癌）的情况下诊断为高度CIN。方法的选择部分取决于医生的经验及子宫颈病变的大小。
子宫颈病变的尺寸及部位：通常覆盖1/2以上的宫颈病变冷冻治疗的治愈率低于LEEP及激光。无论是低度还是高度的仅覆盖1/2宫颈或更少的病变可以选择以上任一种治疗，其效果相当。
CIN 2或3的冷冻治疗：连续冷冻对CIN的治疗经济有效，尤其是病变较小的CIN 1或2。操作如前文所述。
电套圈外科切除术（LEEP）：LEEP是治疗宫颈内管及高度（CIN
3）病变的主要方法。LEEP使用一个通电的细钢丝套圈来作为切除工具，其优点在于医生能够在切除时看到病变，能够得到组织标本，以便病理学家能够评估及确认病变完全切除及治疗充分。相对低的费用及诊室就可以进行操作的优势使得大部分人不必要到医院进行子宫颈锥形切除术。
操作：与冷冻冻相似，手术的时间最好选择在末次月经结束后的月经周期的前半部分，时间限制不是很严格，必要时迟一些也没有关系。首先使用窥器暴露子宫颈，通常还会使用阴道镜对子宫颈再评估。子宫颈处注射少量麻醉剂以减轻手术可能造成的不适。注射基本上是没有感觉的。子宫颈失去感受后给钢丝圈通电，医生迅速（只需要几秒）将钢丝圈通过子宫颈，去除异常细胞。若术前进行了活检，需要在子宫颈处放置药物防止出血。手术没有或只有轻微不适感，有的妇女会有术后1～2天轻到中度绞痛，其它妇女感觉完全正常。
并发症：许多研究表明并发症发生率很低。LEEP术后出血至需要临床关注的占1%～3%。感染可能性更低，为1%～2%而且局限于子宫颈管开口部位。对阴道壁或其它部位的电损伤是可以完全避免的。一次的LEEP不会导致不育或早产，但疾病反复时进行2次或更多LEEP可能会增加这种风险。
LEEP后指导：LEEP在子宫颈处结痂可能会因为子宫颈处不当压力而排出。所以在3周内应避免性交或月经栓等任何物品进入阴道。第1周内不宜抬举重物及进行剧烈运动，以便减少术后明显出血的风险。
有时LEEP术后会出现约1周的鲜红出血。如果出血程度较严重，病人应寻找医生的帮助。如出血非常严重，如1小时内浸润1张大垫，病人应立即到最近的急诊室求助。
子宫颈处放置的止血药物可能会在术后第1周产生深棕色或黑色排泄物，这是正常的，不必惊恐。
LEEP术后感染很少见，仅在1%～3%人中出现，其症状包括下腹痛，多伴100华氏度发热。有这样症状者应立即看医生。
冷冻治疗后虽宫颈在6至8周内显示正常，但由于痊愈需要4个月或以上的时间，Pap若太早进行会得到假阳性的异常结果。同样，LEEP术后至少4个月后才能进行Pap检查。随访对于确信不再存在异常非常重要，5%～15%病人LEEP后仍有异常细胞改变。病人有必要进行2或3次以上的重复Pap，间隔为6个月。术后最初2年需要得到至少3～4次正常Pap才能恢复到每年1次Pap。这能够最大保证子宫颈保持正常状态。
激光烧灼：LEEP出现前通常选择激光治疗大面积病变、高度病变（CIN
3）以及侵入宫颈管内的病变，激光还是冷冻治疗失败后的主要选择。虽然LEEP对大面积病变也有效，激光亦是对大面积病变治疗上有优势，尤其是病变向子宫颈-阴道交界处扩张的时候。但提供激光手术的场所不多，治疗也昂贵，实际上LEEP在治疗大面积病变时也取代了激光。激光治疗昂贵原因在于需要贵重仪器，维护也耗资高。而且激光需要更有经验、技术好的操作者，需要非常注意安全问题的防护，如眼睛损伤及不慎烧伤。价格高及易过度去除子宫颈组织是其主要缺点。
冷刀锥形切除术：冷刀锥形切除是医生使用手术刀切除出现异常细胞的部分子宫颈方法，通常在医院的门诊手术室进行，病人需要全身麻醉。仅有很少数的病人出现病变深入子宫颈管，不能使用LEEP切除病变，以及担心子宫颈管存在腺体病变的情况下才需要进行锥形切除术。
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