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应该是pET要强于pGEX对于大多数基因来讲两种载体表达的蛋白大多是包涵体。在变性条件下是很难纯化出pGEX表达的GST融合蛋白的，即使复性后纯化效率也不高。而pET表达的HIS融合蛋白的纯化则是在变性条件下效果最佳。而且有时GST也难以与目的蛋白分开对后续试验带来麻烦，HIS分子量相对较小，对后续试验一般没影响。pGEX载体本来是用来表达可溶蛋白的，但实际应用还是包涵体表达较多。
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