磁共振用于临床的根本原因是磁共振产生的长波成分可以穿透人体组织，在正常组织中，代谢物以特定的浓度存在，当组织发生病变时，代谢物浓度也会发生改变，磁共振通过测量这些变化量来确定物质结构。
磁共振波谱仪利用体内含奇数质子的原子核自身的磁性及外加磁场的作用使其发生共振，发出磁共振信号，经傅里叶公式转换成波谱为临床提供诊断依据。磁共振波谱主要检测的是组织内一些化合物和代谢物的含量以及它们的浓度。由于各组织中的原子核与质子是以一定的化合物的形式存在，在一定化学环境下，这些化合物或代谢物具有一定的化学位移，并在磁共振波谱中的峰值发生微小变化，它们的峰值和化学浓度的微小变化经磁共振扫描仪采集，使其转化为数值波谱。这些化学信息代表组织或体液中相应代谢物的浓度，反映组织细胞的代谢状况。
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