6. 更改ParameterCondition中默认的Normal至AT rich。默认显示Normal说明我们所上传VP1 gene的序列中GC含量位于40%-65%的正常范围内。高于65%属于GC rich;低于40%属于AT rich。
7. 再次点击Generate时平台显示有1000或高于1000套引物生成。此时,按照Tip 1要求挑选对应引物组合。
8. 点击Display,SortingRule选择None。这时可呈现F1c和B1c位置平行迁移的引物组合。从高达1000套引物中我们可以找到很多套符合Tip 1要求的引物组合,比如第16套与第39套。它们的F1c和B1c是完全互补的。
Tip 2:我们也选择SortingRule为Dimer,这样呈现的引物组合是以引物二聚体的稳定性从低到高排列的。二聚体稳定性越低,引物性能越好。
9. 确定选择第16和39套引物组合后,我们只需要第16套引物的B1c、B2和B3位点,第39套引物的F3、F2和F1c位点作为IMSA引物位点,因为是前者的B1c和后者的F1c重叠。反过来,如果是前者的F1c和后者的B1c重叠,所选位点刚好互换。
10. 再利用每套引物设计环引物,但只取第16套引物的下游环引物LB和第39套的上游环引物LF作为IMSA引物位点。
如何设计环引物,这里以第16套引物为例:
(1)选择该套引物,点击Confirm;
(2)在接下来的页面中点击Primerinformation,系统自动下载一个文档;