色谱柱中的分离只是提供了环境，分子间的四种作用力还是存在的。1，色散力（dispersion force 也称“伦敦力”）所有分子或原子间都存在。是分子的瞬时偶极间的作用力，2，诱导力（induction force）在极性分子和非极性分子之间以及极性分子和极性分子之间都存在诱导力。3，取向力（orientation force）取向力发生在极性分子与极性分子之间。由于极性分子的电性分布不均匀，一端带正电，一端带负电，形成偶极。4，氢键：X-H…Y类型的作用力。当用甲醇作为流动相时，有时氢健的作用力还是很强的。
极性分子与极性分子之间，取向力、诱导力、色散力都存在；极性分子与非极性分子之间，则存在诱导力和色散力；非极性分子与非极性分子之间，则只存在色散力。这三种类型的力的比例大小，决定于相互作用分子的极性和变形性。极性越大，取向力的作用越重要；变形性越大，色散力就越重要；诱导力则与这两种因素都有关。但对大多数分子来说，色散力是主要的。实验证明，对大多数分子来说，色散力是主要的；只有偶极矩很大的分子(如水)，取向力才是主要的；而诱导力通常是很小的。
在复杂的分离过程中，以上几种力基本都会存在，只是显现的主要程度不同，至今为止，色谱分离机理也没能非常准确的描述，我们的认识还在不断的提高。
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