1.光学系统的安装
对新购或已经卸掉光学系统的显微镜，使用前必须先将显微镜安装起来。安装时，为了防止向下掉灰尘，应按照先上后下的顺序，即按照目镜、物镜、聚光镜、反射镜的顺序来安装。
安装物镜时，应先将镜筒升高或载波物台下降，使转换器与载物台之间保持一定的距离。然后，握往物镜，把它放入转换器的螺丝口处，先略向反时针方向旋转，待物镜配上丝纹后，再按顺时针方向旋入，旋至中等程度松紧即可。安装物镜时，应根据物镜的放大倍数，从小到大顺时针安装。转换物镜时，不要用手推着物镜旋转，那样会使物镜的光轴歪斜。用手捏着转换器的转动盘旋转，或用手扶着与物镜转换器衔接处的滚花外圆旋转。
目镜和物镜装好后，再将聚光镜插入载物台下面的聚光器支架内。插入的高度应使聚光器升至高时，聚光镜上透镜的端面稍低于载物台的平面，以免载玻片与聚光器的镜头相碰。然后，将聚光器的固定螺丝旋紧。对非电光源的显微镜来说，要把反射镜插入聚光器下面的插孔内。
2.校正光轴
校正光轴的意义在于使物镜、目镜、聚光镜的主光轴和可变光栏的中心点重合在一条直线上。所以又叫做合轴调节或中心调节。如果光轴歪斜，会使像差增大，分辨率和清晰度都要下降。
检查方法是将可变光栏开至大，把低倍物镜旋入光轴，降低镜筒，使物镜与载物台之间的距离小于该物镜的工作距离（5mm以下）。不放标本，调节反射镜的角度，使视场亮；或调节光源灯的亮度，使视场明暗合适。
然后，拔掉目镜，直接从镜筒中观察。一边把可变光栏慢慢缩小或打开数次，当光栏关至小时，光栏的像应正好落在物镜通光孔的中心。当光栏开大到一定程度时，光栏孔的像应正好与物镜通光孔的黑圈相重合。若符合上述两个条件，说明它们“合轴”。否则就需要调整。
目镜和物镜都是固定的，无法进行调整。合轴调节主要是调整聚光镜的位置。有些显微镜聚光器支架两旁有两个光轴校正螺丝，调节这两个螺丝，即可合轴。另一种聚光器是由框架上三个相隔120°的螺丝支持住，其中一个装有弹簧，可以伸缩；另外两个螺丝，可以旋动。调整这两个螺丝，便可合轴。
电光源生物显微镜的光轴校正好后，如果没有拆下聚光器或其它特殊原因，不必经常校正。
3.准备好标本
准备好高质量的标本备用。
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