GC-MS通常使用EI源，电离能量较高，需要电离能高的气体作为载气，减少背景干扰。其载气有如下特殊要求：具有化学惰性，不干扰质谱图，不干扰总离子流的检测，高纯度等。
对GC-MS而言经常地是使用氦气作为载气，其主要原因如下：
1 氮气虽然是惰性，但其电离能为15.6eV，与一般有机化合物电离能接近，电离效率高，对总离子有干扰，与有些化合物的碎片离子重叠，易产生高本底，干扰低质量范围质谱图，对离子相对丰度也有影响。因此氮气不能用作载气。
2 氦气化学惰性好，电离能为24.6eV是所有气体中最高的，难以电离，不会因气流不稳而影响色谱图基线。He的相对分子质量只有4，流导大，易与其他分子组分分离，对样品有富集作用，离子碎片简单，不干扰。
3 氢气虽然相对分子质量仅为2，氢原子的电离能为13.595eV，相对惰性，而且作为载气时，与氦气相比，氢分子扩散项大而传质阻力小，样品出峰快、分析时间短、经济成本低，具有一定的实用性，对非氧化性化合物的GC-MS分析，氢气是理想的载气。
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