一、 新柱活化
由于色谱柱由生产厂家实验室测试完毕密封好后到达您的手中可能经过了一段时间，因此必须对您刚拿到手的柱子进行活化处理：首先，配好65%乙腈/水或者纯甲醇溶剂备用，所有进入HPLC仪器的溶剂必须经过0.2um或者0.45um过滤膜过滤并脱气；再按柱子的正确方向连接柱子进口端(连接时注意一定要把管路的端口抵紧柱子的进口以免产生死空间发生漩涡效应降低柱效), 出口端先不接检测器。先以0.1~-0.2ml/min的流速冲洗，等看到有液体从柱子中流出后，持续10mins之后再接上检测器，以循序渐进方式将流速调至1.0ml/min(LC/MS柱子应以0.2ml/min的流速进行),继续活化2小时。
二、 柱子使用
1、 首先要确认您所要分析的样品流动相的pH范围是否在您的柱子的pH范围之内，以免损坏柱子硅胶！
2、 接下来就是用你做样品的流动相去平衡柱子，如果您的流动相中含有缓冲盐溶液，在平衡柱子之前务必要先用5％的甲醇(乙腈)/水去过渡10倍柱体积(150x4.6mm柱子约为30ml，250x4.6mm柱子约为45ml；下同)以上，再用带盐的流动相去平衡柱子足够的时间(直到基线非常平稳为止)，之后方可进样分析。
3、 无论您分析何种样品，都会由于各种原因样品中总有部分杂质，因此建议您在进样前在柱子前端加接保护柱以保护您那昂贵的分析柱，或者用0.2um或 0.45um针头过滤器过滤样品后方进样分析！
三、 柱子清洗
分两种情况进行：
1、 如果您的样品分析只用到一般的甲醇，乙腈和水的流动相(包括流动相里面加了点酸)，在做完样品后可直接用65％的乙腈/水或者纯甲醇进行清洗10倍柱体积即可保存(如果时间有限，可视情况在仪器能承受的范围内加快流速******为2ml/min)；
2、 如果您的样品分析用到了含缓冲盐或者酸或者离子对试剂的流动相，在做完样品后的清洗必须按照下列2个步骤进行清洗柱子(不论您的柱子是否可以耐纯水的极性柱子还是一般的通用性柱子)：
a、***重要的步骤——用5％的乙腈(甲醇)/水，清洗20倍柱体积溶剂以上，1~2ml/min(根据时间自由调节流速：如果因为时间来不及而清洗不了那么长时间，可以适当加大流速，比如1.5 or 2ml/min；LC/MS柱子应以0.2~0.5ml/min的流速进行)，
b、65~90%的乙腈（甲醇）/水或者纯甲醇/乙腈，清洗5~10倍柱体积，1~2ml/min。
四、柱子的再生
色谱柱属于色谱分析的常用消耗品，它是有寿命的；但它寿命的长短与我们的样品处理程度、有无加保护柱以及清洗是否恰当和彻底紧密相关！！！当柱子在使用一段时间以后，它的柱压可能升高，柱效可能降低，这时如果我们对柱子进行再生，它的寿命也许会得到一定的延长。首先把柱子的方向颠倒过来（只限于成都摩尔科学仪器有限公司的色谱柱，其他公司的柱子不保证），
一、然后具体按如下方法进行：
1、5％的乙腈/水清洗20倍柱体积，1ml/min(刚开始以0.1ml/min运行，慢慢上升；下同)；
2，四氢呋喃(THF，色谱级)过柱30mins，1ml/min；
3，65~90％的乙腈（甲醇）/水 或者纯甲醇(乙腈)，清洗10倍柱体积，1ml/min。
二、蛋白污染再生：0. 1%的三氟乙酸水溶液:异丙醇（4 : 1,v/v）→乙腈： 异丙醇（1 : 2,v/v, 内含0. 1% 三氟乙酸）→水：异丙醇( 1 : 4, V/V) ，分别冲洗10～20倍柱体积。（注意每项过渡时，压力的控制，压力******控制在1500 psi以下，根据柱子的具体情况请自己优化流速）。
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