没有最好的方法，只有最适合的方法，企业在选择快速检测方法时要从产品、检测项目、检测量、预算等多个方面进行考虑。选择快速检测产品时，要从产品的准确度、稳定性、操作便捷、成本等方面考虑。
（1）检测样品决定选用方法。检测方法均具有一定的适用范围，例如，诺如病毒的ELISA试剂盒适用范围为粪便，如果制定为检测蔬菜的行标就不合适；在沙门氏菌检验中低菌量样品可以一步增菌。
（2）检测项目决定选用方法。例如：定量检测的项目，采用测试片、显色培养基等方面；致泻性大肠杆菌，采用PCR方法检验；金葡肠毒素，采用免疫方法检测。
（3）样品数量。样品数量大、建议采用免疫学方法,例如ELISA。
（4）实验室预算。预算少，可以采用不需要仪器纸片法、免疫学方法，预算多，可选用全自动微生物检测鉴定仪、PCR等。
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