简单说一下原理：
现在流式分选一般都是电荷式分选，即对感兴趣的目标细胞所在的液滴充上电荷，液滴经过电极板，通过电场作用发生偏转，从而实现分选。
磁珠分选首先使用磁珠偶联的抗体去标记细胞，然后把标记好的细胞过柱子（柱子周围连磁铁），带磁珠的细胞就留在柱子上，不带磁珠的细胞就流走了，从而实现分选。
现在可以比较不同了：
1、对细胞的刺激。 我觉得磁珠分选最大的优势就是对细胞的刺激要小一点。因为流式分选细胞首先要经过几十微米的喷嘴，然后要被充电，还要经过几千伏的电场，最后以几十米每秒的速度落到收集管里面，有些原代细胞就受不了，分选免疫细胞也要考虑细胞活化的影响；而磁珠分选相对来说就对细胞没什么刺激。
2、设备要求。 磁珠分选小的实验室就能做，买一些专用的磁铁和柱子就可以了，而流式分选就需要分选型的流式细胞仪，都是几百万以上的。对操作员的要求来说，流式分选也要高一点，需要专门培训，需要注意的细节也要多很多。
当然如果你周围有什么流式平台的话，磁珠分选和流式分选的成本应该是差不多的，流式分选一次大约1-2千（各地方不同），磁珠分选的柱子磁珠差不多也要烧这么多钱。
3、试剂不同。 这个最好理解，流式分选用的是荧光素偶联的抗体，磁珠分选用的是磁珠结合的抗体。
下面就要说下流式分选的优势了：
4、分选纯度。这个肯定是流式分选的纯度高，磁珠分选如果操作好的话也能达到80-90%的纯度，但流式分选一般都能达到90％以上（样本制备和仪器条件正常的条件下）。
5、多参数分选。流式细胞术很大的优势就是多参数，比如我可以分选CD4+CD25+CD127low的Treg，三色的一次就能分选。磁珠分选就必须先分CD4，再分CD25，更多参数的就没法进行。
6、低表达群细胞分选。比如有些干细胞它的表达比例只有百分之零点几，比例太少磁珠分选无法操作，流式就可以把这些细胞富集起来。
7、胞内荧光分选。流式分选在分子生物学中很大一部分应用就是分选GFP、YFP等阳性细胞，还有可以用Hoechst染精子的单倍体进行分选，这些针对胞内成分的分选也是磁珠分选无法实现的。
另外要说明的是，现在都很流行磁珠分选和流式分选相结合的方法，像上面举的例子分选CD4+CD25+CD127low的Treg，如果仅用流式分选可能时间太长，纯度也有影响。那么可以选择先用磁珠纯化出CD4阳性的细胞，再过流式分选CD4+CD25+CD127low的群体，这样既节省了时间保证了活性，也可以提高分选的纯度。
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