YFP和GFP其实是序列基本相同的两种蛋白，YFP就是把Thr203以Tyr取代，GFP则不发出绿色荧光，而发出较长波长的黄色荧光，也就是YFP。因此两者最大的区别则是发射波长了。
我觉得这两种蛋白标记应该都没有问题，只是有几个问题应该考虑：
1. 应该标记在C端，一般的核定位序列均位于蛋白N端，如果将GFP或者YFP标记在N端很可能影响核定位；
2. 取决于你的核探针，如果是红色的探针，选用GFP比较经典，两者叠合的橙色也是很多文献上常采用的。但如果是蓝色的探针，则选用黄色比较容易区分一点，比较好看，不过做这个的好像也不太多。
最后还有一点就是GFP的质粒比较多，很多还有EGFP序列，比如我们实验室的EGFP荧光就非常好看，所以我还是建议你选经典的GFP\EGFP。祝实验顺利。
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