1.扫描隧道显徽镜（STM）和原子力显微镜同其他显微镜相比具有分辨率高、工作环境要求低、待测样品要求低、不需要重金属投影等优点，所以它们观察到的图像更能直接反映样品的原有特点。
2.借助于快速的计算机图像采集系统时，STM和AFM还可以用来观察细胞，亚细胞水平甚至是分子水平上的快速动态变化过程。
3. 扫描隧道显微镜（STM）和原子力显微镜（AFM）不仅可以用来对样品进行精细成像，而且还可以对样品进行精细加工，利用原子力显微镜（AFM）甚至可以把质粒DNA剪切成特殊的尺寸而与其序列无关。
这可能会产生分子克隆或DNA测序的新方法，由于扫描隧道显微镜（STM）和原子力显微镜（AFM）的众多优点，它们已在物理学、生物化学、材料科学，生命科学、技术科学等众多领域中得到广泛的应用。
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