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两者都是基于抗原与抗体之间能发生特异性结合这一基本原理。 免疫组化是对组织标本或细胞标本中的抗原类物质如细胞中的病原体、蛋白质、多肽、氨基酸、多糖、酶、激素、核酸等进行定位或定量检测，检测材料是石蜡切片或细胞涂片，检测时用到的抗体可以用酶标记，也可以用荧光素标记。酶联免疫吸附试验既可以检测抗原也可以检测抗体，若检测抗体，则酶标板需要用抗原包被；若检测抗原，则酶标板需要用抗体包被。
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