1．合成开始后检查要点
合成开始时，检查第二个核苷酸脱DMT所产生的橘色，保证一切正常。*个DMT的颜色不能作为提供资料的依据，因为它是载体上装进的*个核苷的量度。检查合成柱是否渗漏，渗漏原因可能是由于柱子错误或柱子与合成仪上的luer接头未拧紧所致。检查监视器上的详细内容，必要时重新存储所需参数。
2．自动DNA合成仪上试剂的稳定性
无论合成进行到什么程度，试剂管道中的单体每几分钟就需要补充一次，不会出现严重的亚磷酰胺分解。但是如果仪器已经1h以上未运行，在合成开始前必须清洗试剂管路，除去管内分解的试剂。即使在的条件下，试剂的寿命也是有限的，因此，要将在合成仪上存放2周以上的试剂弃去；对于合成30个碱基12 1-_的寡核苷酸，应用的亚磷酰胺和四唑在合成仪上的时间应短于一周。对于合成50mer或更长的寡核苷酸，应该用新鲜的亚磷酰胺、四唑和乙腈。
3．自动DNA合成仪上的试剂更换
在某一合成期间任何一种试剂用完都会导致合成失败，所以在合成前必须检查所有储液瓶内的试剂量。如果实验室内温度降至18~C以下，需要用电吹风温热储液瓶，使某些结晶溶解。如果一个位置配有一个一次性的瓶塞，当新瓶子放到合成仪上时，要检查并更换瓶塞。任何裂开的瓶塞都不能使用，*性的瓶塞也要检查。另外，要检查试剂瓶口边缘是否有缺口，缺口瓶在合成仪上塞不紧，不能输送试剂。
4．合成中更换试剂瓶
在特定循环上单体缩合、封闭、氧化完成后，等待用乙腈清洗，并中断循环和三个柱。然后按正常方法换瓶，取消所有中断信息，重新开始合成，千万不要让合成中断超过lmin，这样会使偶联率下降或造成合成失败。
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