蛋白质的分离纯化是研究蛋白质结构和功能的重要手段，也是制备工业用酶、抗体、疫苗、基因重组等的唯yi途径。蛋白纯化的方法多种多样。常用的有以下几种方案：基于蛋白质的溶解度不同设计的盐析或等电点沉淀方法；基于蛋白质分子量差异的透析与超滤或凝胶过滤方法；基于蛋白质所带电荷不同设计的等电聚焦电泳或离子交换层析方法；以及利用特异性配体与目的蛋白结合的亲和层析法等等。相对核酸纯化而言，不同蛋白质的特性千差万别，摸索纯化条件往往是一项艰难而繁复的工作。
亲和层析是利用生物分子间的亲和吸附和解离而设计的层析方法，具有操作简单、条件温和、获得的蛋白纯度高等特点，特别适合于活性蛋白质的纯化，并且对表达量低的活性蛋白也具有良好的分离效果。常用的亲和层析基质包括：专门针对抗体的蛋白A或蛋白G亲和基质，针对生长因子和核酸结合蛋白的肝素型亲和基质，用于纯化含有标签的融合蛋白亲和基质，以及结合了特异性抗体的亲和基质等。随着基因重组表达技术的广泛应用，将目的蛋白与亲和纯化标签进行融合表达，再通过亲和层析法纯化出目的蛋白，已成为实验室*常用的一项技术。
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