原子力显微镜与光学显微镜和电子显微镜等竞争技术的主要区别在于原子力显微镜不使用透镜或光束照射。 因此，它不会因衍射和像差而受到空间分辨率的限制，并且不需要准备用于引导光束(通过产生真空)和对样品染色的空间。
扫描显微镜有几种类型，包括扫描探针显微镜(包括AFM、扫描隧道显微镜(STM)和近场扫描光学显微镜(SNOM/NSOM)、STED显微镜(STED)，以及扫描电子显微镜和电化学原子力显微镜EC-AFM)。尽管SNOM和STED使用可见光、红外线甚至太赫兹光照射样品，但它们的分辨率不受衍射极限的限制。
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