高能质子加速器所加速出来的高能质子流打在静止靶上，可以产生出多种次级的高能粒子流，如反质子流，π介子流、μ子流等等。把这些次级粒子分别引向不同实验室可做多种高能物理实验。
其次，组成质子同步加速器的每一级加速器，除了供给下一级加速的质子流以外，都可以引出一部分束流供实验室使用。因此，一台高能质子同步加速器实际上是一个包括低能、中能和高能的综合性物理实验基地。
除作高能物理实验以外，高能加速器在其他方面的用处，也是非常广泛、非常诱人的。例如：用强流电子束本身或它产生的辐射模拟核武器爆炸时的破坏效应；用高能电子束或重离子束轰击聚变材料靶球点燃聚变反应；用高能强流质子束的散裂反应产生很高的中子通量，用这个中子通量制造裂变材料等等。
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