TCA与蛋白质之间主要有以下几个方面的作用：
① 在酸性条件下与蛋白质形成不溶性盐；
② 作为蛋白质变性剂使蛋白质构象发生改变，暴露出较多的疏水性基团, 使之聚集沉淀；
③ 随着蛋白质分子量的增大，其结构复杂性与致密性越大，TCA 可能渗入分子内部而使之较难被完全除去，在电泳前样品加热处理时可能使蛋白质结构发生酸水解而形成碎片，而且随时间的延长这一作用愈加明显；
④ 电泳图谱显示，BSA 、HSA 单体谱带有较明显的展宽现象，这可能是由于TCA 的结合，使SDS 与蛋白质的结合量产生偏差，从而造成蛋白质所带电荷的不均一性，造成迁移率的不一致
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