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加保护柱对你的样品检测不会产生影响，但是可以保护你的色谱柱，而且在走了很多样品之后发现柱效降低也可以通过换保护柱或保护柱芯来改善；至于你说的色谱柱理论塔板数突降，有可能是你的样品太多，冲洗时间不够引起的，你再把柱子多冲冲，说不定能改善。建议这种样品量大时还是加保护柱，避免伤柱子，到后期实在没有办法了，不用保护柱都还可以用一段时间。
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