水平超净台和垂直超净台的工作原理是完全相同的，所不同的只是外观形式；从字面意思来理解，水平超净台的风是水平的，平面的。而垂直超净台的风向是垂直层流，风是从上往下吹的。
从洁净度上来理解：水平超净台和垂直超净台的效率是完全相同的，不存在洁净度的高低之差别。都是达到美联邦标准的209E百级净化。如果达不到百级净化的超净台那就是一个次品。
从价格上来区分：从材料和做工的复杂程度来说，垂直超净工作台要复杂一些，要费料费工一些，价格人略比水平的贵。
从封闭程度上来讲：水平工作台是敞开式的，垂直超净工作台前面有升降玻璃挡板或有机玻璃档板，垂直超净台不用的时候可以将挡板放下封闭起来。
从使用场所上区别：水平流目前主要是食品检验，花卉、树苗、食用菌接种组培；垂直层流应用于电子、化工、医院、医药行业。也是因为一些化工、制药企业的实验操作过程中会有一些有毒有害气体会影响人体健康，所以选择往下吹风的垂直层流而不是水一层流似乎更合适一些。
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