1 压差的建立
洁净室的送入风量与排出风量+压差风量(余风量)之间达到平衡便建立压差，这里的排出风量包括：需排往室外的排风量及回风量。
对直流系统是，新风量=排风量+压差风量
对循环系统是，新风量+回风量=回风量+排风量+压差风量
所以归根到底，压差的实质是：新风量=排风量+压差风量
因此，洁净室压差建立的调整，都应体现新风量与排风量+压差风量之间的平衡：
(1)对直流系统，送入一定的风量，调节排风量至压差值的建立；
(2)对循环系统， 送入一定的风量， 一般可按要求调整排风量，然后调节回风量，建立压差值；
(3)当某些洁净室无单独排风量，则调节回风量至压差值的建立。
洁净室送入风量要求一定，因此不能作为控制的变量。但对有的生物安全等实验室而言，不要求保持洁净室级别的一定，送风设过滤器，主要是为了延长排风过滤器的使用寿命，因此送风量可作为压差控制的变量。
2 洁净室压差的外扰因素及基本对策
引起洁净室压差波动的外扰因素及常用的基本对策如下：
(1)HVAC系统阻力变化，主要是过滤器阻力的变化，会引起送风量的变化，影响室内压差的波动。
对其控制较易，只要运行到一定时期后系统阻力变化至一定值时，人工及时调整便可。亦常在用定风量阀控制压差时，能自动维持送风量不变，亦有采用变速的送风机，以过滤器压差或以实际送风量与设定送风量之差进行风机转速控制，维持风量一定。
(2)室外风压的变化(室外风向及风速等引起)，会影响洁净室的压差风量，引起室内压差的波动。
对其控制也较容易，要求： 围护结构及门等的气密性好；洁净室对室外保持≥10Pa压差，相邻洁净室间保持≥5Pa压差，建立必要的压差梯度当室外风压对洁净室不利时，尚能维持洁净室内的一定压差而不致出现问题。
(3)洁净室门的启、闭，会引起洁净室压差的波动。
门开启时，两洁净室的压差不能维持，空气会双向交换，其交换量与两室间的空气温差有关，亦与人的走动以送、回风口与门的相对位置等有关，国外有研究认为，在门两侧洁净室的温差△t=0℃，双开门的空气交换量约为0.19m3/s；△t=2℃，则达0.24m3/s。
为防止反向流的出现，则流经门的空气速度应>0.2m/s(ISO 14644-4中提及的维持低压差时所需的气流速度)；在工程中，国外常采用0.25m/s～0.5m/s的气流速度。
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