因为，色谱柱是消耗品，随着使用时间或进样次数的增加，会出现色谱峰高降低，峰宽加大或出现肩峰的现象，一般来说是柱效的下降。
1.反向柱的再生：
依次采用20～30倍的色谱柱体积的甲醇：水=10：90(V/V)，乙腈，异丙醇作为流动相冲洗色谱柱，完成后再以相反顺序冲洗色谱柱。
2.正相柱的再生：
依次以20～30倍的色谱柱体积正己烷、异丙醇(异丙醇粘度大，可降低流速，避免压力过高)、二氯甲烷、甲醇作为流动相冲洗色谱柱，然后再以相反的顺序冲洗色谱柱。要注意以上溶剂必须严格脱水。
3.离子交换柱的再生：
长时间在缓冲溶液中使用和进样，将导致色谱柱离子交换能力下降。用稀酸缓冲溶液冲洗可以使阳离子柱再生，反之，用稀碱缓冲溶液冲洗可以使阴离子柱再生。
特别说明：
再生过程必须随时关注柱压变化，柱压过高易导致硅胶变形与开裂及键合相极性端连接顺序紊乱，同时要保证再生时间足够。再生时最好选择不具备在线脱气的独立泵送系统色谱仪器进行，以防正相溶剂损坏脱气机密封膜或分子筛及比例阀等仪器精密部件。
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