液相色谱质谱联用仪，简称液质联用仪(LC/MS或LC/MS/MS)，常用离子源从大的分类来说，主要有大气压离子源（以下简称API）、基质辅助激光解析电离源（以下简称MALDI）和快原子轰击源（以下简称FAB）三种电离方式。目前实验室最常用的大气压电喷雾电离ESI、大气压化学电离APCI、基质辅助激光解析电离源（MALDI）。
1.大气压离子源（API）
（包括大气压电喷雾电离ESI、大气压化学电离APCI、大气压光电离APPI）
ESI的优点：
可生成高度带电的离子而不发生碎裂，这样可将质荷比降低到各种不同类型的质量分析仪都能检测的程度。通过检测带电状态，可计算离子的真实分子量。同时，解析分子离子的同位素峰也可确定带电数和分子量，因同位素峰间的质荷比差与带电数相对应。最大优势是可方便地与分离技术联用。
ESI的缺点：
ESI的主要缺点是它只能接受非常小的液体流量（1-10μl/min），这一缺点已被1987年研制出来的离子喷雾接口（ISP）所克服（离子喷雾接口是一种借助气动的电喷雾接口，它可适应较高的流速）。
APCI&APPI的优点：
适用于低极性化合物离子化；宽度动态范围（4-5个数量级）；质量敏感，可耐受高缓冲液浓度
APCI&APPI的缺点：
化合物热稳定性低（最高130-150℃），易挥发，需要掺杂剂
2.基质辅助激光解析电离源（MALDI）
在一个微小的区域内，在极短的时间间隔 (ns数量级 )中，激光对靶上待分析物质提供高强度脉冲式能量，使其在瞬间完成解吸和电离，且不产生热分解。MALDI是一种直接气化并离子化非挥发性样品的质谱离子化方式，但是其离子化机理尚不清楚，存在两种可能性：离子在固态时已形成，激光照射时只是简单的释出；或是由激光引发的离子 -分子反应产生的。
MALDI的优点：
可电离一些较难电离的样品 (特别是生物大分子 ) ，得到完整的电离产物，且无明显碎片；单电荷分子离子峰占多数，质谱图较简单，适合多组分样品的分析；适用范围广，能耐受一定程度的盐和缓冲液；对样品处理的要求不严格，甚至可以直接分析未处理过的生物样品，从而简化繁琐的制样过程；灵敏度高。
MALDI的缺点：
然而在有机小分子、烟草烟气化学成分定性定量分析方面则应用较少。
2.快原子轰击源（FAB）
用加速的中性原子（快原子）撞击以甘油（底物）调和后涂在金属表面的有机化合物（“靶面”），导致这些有机化合物电离的方法称之为快原子轰击（FAB）。以电子轰击气压约为100Pa的中性气体（氩或氦），产生的惰性气体离子经聚焦和加速后撞击靶面导致分析物的离子化称作离子轰击作用。在此基础上将氩离子还原为中性原子，再以加速的中性原子撞击“靶面”即为快原子轰击。分析物经中性原子的撞击获取足够的动能以离子或中性分子的形式由靶面逸出，进入气相。产生的离子一般是准分子离子。
FAB的优点：
对热不稳定、难以汽化的化合物的分析有独到的长处。尤其是它对肽类和蛋白质分析的有效性，在电喷雾接口出现前是其他接口无法相比的。FAB在肽类和蛋白质分析方面有大量的报道和成功的蛋白质分析实例，显示出在此领域内很强的实用性。
FAB的缺点：
只能在低流量下工作（<5μl/min），严重限制了液相柱的分离效果。流动相中含有的1%-5%的甘油会使离子源很快变脏。液体通过石英毛细管时容易造成堵塞。此外，由于它的特殊的制样方法，FAB的一个很大的问题是混合物样品中共存物质的干扰，它们常常会抑制分析物的离子化，造成灵敏度下降甚至根本没有信号产生。
随着质谱技术不断发展，质谱种类越来越多，高选择性、高灵敏度、高通量质谱不断出现，在离子源技术也出现了原位直接进样即真正实现直接、快速、无损、无接触分析。还有液体萃取表面分析技术作为新型的质谱进样系统，高通量分析复杂的生物基质样品，通过成像技术和数码控制，精确定位样品采样点，用一滴溶剂对样品或组织进行表面微萃取，萃取液经由基于芯片的纳升电喷雾离子化，进行串联质谱或高分辨质谱分析。以及成像技术的离子源。
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