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通常在实验室中所用的清洗试剂是根据污染物选择的，二氯甲烷、甲醇、乙腈和丙酮是我们常用的。清洗进样器时不能堵塞针头，抽出柱塞，用另一个进样器把清洗溶剂注入，再插入柱塞柔和的把溶剂从针中推出。
消毒模式：用高压灭菌法在消毒进样器的同时将柱塞抽出，用乙撑氧(ethylene oxide)；
将进样器浸泡在溶剂的过程中不能把整个的进样器都浸泡于溶剂中，这样容易破坏进样器上键合部分的粘着性。清洗进样器的外部时最好使用用绵纸或薄纸。
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