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离子交换色谱法的固定相为离子交换剂，常用的有离子交换树脂和化学键合离子交换剂。经典离子交换色谱法的固定相为离子交换树脂，其缺点是易于膨胀，传质较慢，柱效低。不耐高压。HPLC中的固定相是键合在薄壳型和多孔微粒硅胶上的离子交换剂，其机械强度高，不溶胀，耐高压，传质快，柱效高。
离子交换色谱法的流动相是具有一定pH值和离子强度的缓冲溶剂，或含有少量有机溶剂，如乙醇、四氢呋喃、乙腈等，以提高色谱选择性。
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