不太一样。内参是相对定量用的，marker是定大小的。
内参一般是RT-PCR用的，当底物是cDNA文库这种混合物时，除了扩增目的片段，往往还要扩增一个内参。内参一般选择细胞内的管家基因，表达量不会随着细胞状态而变化的，如U6，GAPDH等。由于PCR定量结果受底物影响较大，枪不准或者操作不当带来的很大误差，所以用目的片段的定量结果除以内参的定量结果，就能得到一个相对准确的比值，即相对定量。
marker一般是用在普通pcr之后的跑电泳过程中。marker是一系列确定大小的DNA片段，跑出一个ladder，然后你的扩增片段与ladder比较，就可以知道片段的大概长度，然后判断是不是你要的片段，还是杂带。
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