酶标仪所用的单色光既可通过相干滤光片来获得，也可用分光光度计相同的单色器来得到。在使用滤光片作滤波装置时与普通比色计一样，滤光片即可放在微孔板的前面，也可放在微孔板的后面，其效果是相同的。光源灯发出的光经聚光镜，光栏后到达反射镜，经反射镜作90°反射后垂直通过比色溶液，然后再经滤光片送到光电管。
酶标仪可分为单通道和多通道2种类型，单通道又有自动和手动2种之分。自动型的仪器有X，Y方向的机械驱动机构，可将微孔板L的小孔一个个依次送入光束下面测试，手动型则靠手工移动微孔板来进行测量。
在单通道酶标仪的基础上又发展了多通道酶标仪，此类酶标仪一般都是自动化型的。它设有多个光束和多个光电检测器，如12个通道的仪器设有12条光束或12个光，12个检测器和12个放大器，在X方向的机械驱动装置的作用下，样品12个为一排被检测。多通道酶标仪的检测速度快，但其结构较复杂价格也较高。
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