假阳性
假阳性是指出现的 PCR 扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。产生的原因有：①引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行 PCR 扩增时，扩增出的 PCR 产物为非目的序列；②靶序列太短或引物太短；③靶序列或扩增产物的交叉污染。解决方法有：操作轻柔，防止靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外造成污染；除酶及不能耐高温的物质外，所有试剂或器材高压消毒；离心管及加样枪头等一次性使用。必要时，可在加标本前，将反应管和试剂用紫外光照射，以破坏存在的核酸。
假阴性
假阴性是指不出现特异扩增带，可能原因：引物设计不合理，酶失活或酶量不足，模板量太少，退火温度不合适，循环次数过少，产物未及时电泳检测等。解决方法有：重新设计引物，增加酶量或调换酶，增加模板量，调整退火温度，增加循环次数，及时检测扩增产物，一般在 48h 以内进行。
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