液质流动相选甲醇和水体系是因为对于液相色谱而言，物质的分离是基于被测物在流动相和固定相间的分配比不同而获得的，不管是不是中性物质，只要它们在两相间的分配比不同就可以分离。而流动相的改变也不过是为了获取这个分配比的差异而已。
液质流动相的选择方法：
1、流动性主要看结构，极性大小，溶解性，对酸碱的敏感性等等。
大体上有机相是乙腈，甲醇，水相是甲酸水，乙酸水，甲醇水或者加点乙酸铵等。
2、再看化合物质谱条件是（+），则水相可加甲酸，乙酸，一般0.1%，也可以0.2%，可以是条件，原则是能浓度低就不要浓度高，（-），不要用酸，会有抑制。
3、液相分离效果，可以用不同的有机相：水相比例，是分离效果好就可以。
4、观察uv最佳吸收是多少？若离200nm很近，建议有机相用乙腈。
5、重要的是，水相不加任何物质就可楚风很好，建议不要加其他的。
6、液质联用所用的流动相，不能用不挥发性的物质，如：磷酸盐缓冲液等，常用甲酸盐，乙酸盐等易挥发的物质用作缓冲盐的首选。
在做液质联用测定生物样品时，若选择M
H峰可在流动相中加入一些添加剂提供H离子，如甲酸等，一般准分子离子峰较稳定。
7、液质联用的流动相要求使用挥发性的酸碱盐，常用的如下：
酸---甲酸、乙酸（＜2.0%），三氟醋酸（≤0.5%）
碱---甲胺、乙胺、三乙胺（＜1.0%）
盐---醋酸铵（10-5mmol/L）。
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