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两者的原理上的区别:等电聚焦是根据被分离的蛋白质组分间的等电点的差异被分离,具有不同等电点的蛋白质会停留在相应的pH区带,而普通的SDS-PAGE凝胶电泳是根据蛋白质组分间的分子量大小差异进行分离的,分子量不同的蛋白质会停留在相应孔径的凝胶层。