机械搅拌式生物反应器是借搅拌涡轮输入混合以及相际传质所需要的功率。这种反应器的适应性Z强，从牛顿型流体直到非牛顿型的丝状菌发酵液，都能根据实际情况和需要，为之提供较高的传质速率和必要的混合速度。
机械搅拌式生物反应器缺点是机械搅拌器的驱动功率较高，一般2~4kw/m3，这对大型的反应器来说是个巨大负担。
机械搅拌式生物反应器的基本结构包括：筒体，机械搅拌系统搅拌器、挡板、轴封、联轴器及中间轴承等，通气系统空气分散装置温控系统换热装置，消泡系统、pH控制系统等，并在筒体的适当位置设置排气、取样、接种、进出料口以及入孔和视镜等部件。
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