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霉菌污染后多数在培养液中形成白色或浅黄色漂浮物。
一般肉眼可见，较易被发现，短期内培养液多不混浊，倒置显微镜下可见于细胞之间纵横交错穿行的丝状、管状、及树枝状菌丝，并悬浮飘荡在培养液中。
很多菌丝在高倍镜可见到有链状排列的菌珠；
念珠菌或酵母菌形态呈卵形，散在细胞周边和细胞之间生长。
镜下看时，要将培养瓶用酒精棉球擦干净，以防止与瓶外尤其瓶底外面生长的菌丝相混淆。
真菌污染后，细胞生长变慢，但最后由于营养耗尽及毒性作用而使细胞脱落死亡。
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