1、光路不同：原子吸收光源、原子化器和检测器在一条光路上；原子荧光为垂直光路。
2、原理不同：原子吸收利用原子的特征吸收光谱；原子荧光则利用原子的激发-跃迁光谱
（荧光）。
3、灵敏度不同：对于原子吸收，增加光源强度同时会增加背景吸收，而原子荧光信号强度
与激发光源强度成正比，故灵敏度可以极大提高。
4、使用范围不同：因为原理的局限性，氢化法原子荧光光谱仪只能检测被测元素发生可以和还原剂发生氢化反应的11种元素，即使是金索坤采用火焰法-氢化法联用原子荧光光谱仪也只可以检测20种元素，而相对来说，原子吸收光谱可检测元素的范围就要大很多。
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