1.在自身免疫性疾病中的应用：自身免疫性疾病患者，检测组织中的自身抗体。补体荧光法等可检测免疫复合物沉积在组织器官细胞上的位置，对于了解肾小球性肾炎、类风湿关节炎病变侵犯和病变基础与程度极有帮助。
2.细菌和病毒的快速鉴定：在细菌学诊断方面，可用于淋病双球菌、百日咳杆菌、梅毒螺旋体等的快速诊断。免疫荧光技术在病毒诊断领域应用更为广泛，可用于病毒和病毒抗原在感染细胞内的定位，也可用于病毒感染过程的研究。
3.寄生虫的检测与研究：免疫荧光技术在寄生虫研究方面应用极广，可用于疟原虫、阿米巴、利什曼、纤毛虫、滴虫、钩虫、绦虫、蠕虫等的诊断工作。近来在血吸虫及疟原虫方面研究较多，诊断效果肯定。血吸虫抗原是用尾蚴和成虫，疟疾抗原采用的是感染的或实验动物的血清。
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