一、技术清洗法：低压冲洗
日常情况下，我们在使用实验室超纯水机时，应该定期清洗，因为长时间使用会造成设备污染，导致无法正常工作。定期对设备进行大流量、低压力、低PH值的冲洗有利于去除附着在膜表面上的污垢，维持膜的性能。
二、化学清洗法
由于一些地区的原水硬度过大，超纯水机长时间使用会使得反渗透膜受到微生物或无机物的影响，甚至会产生水垢，这时就需要添加清洗液进行清洗。一般做法是在低浓度的清洁水中清洗，如果污垢较多，可以进行短时间的浸泡，便可基本去除。
三、物理清洗法
（1）手工擦洗法：这是一种比较原始的但有效的方法。具体做法是将反渗透膜拆下来用柔软物质（如海绵）轻轻擦拭表面上污垢，边擦边用水冲洗掉，这样可以有效除掉膜表面大量的污垢，但对于深入膜中更细小的杂质则无能为力。
（2）反向冲洗法
即就是一种从膜的背面（多孔支撑层）向正面（密层）进行冲洗的方法。这是一种行之有效的清洗方法。反向冲洗膜后，再进行等压水力冲洗法，效果十分明显。
（3）热水冲洗法
可以利用热水(30～40℃)冲洗膜表面，对那些黏稠而有热溶性的杂质（如糖类）能够有效去除。
四、保护法：设备停止运行
实验室超纯水机长期的运行，或多或少会出现一些波动，如果处理不当，设备的膜性能就会下降，可能会导致设备严重失效。我们可以再短时间内采取保护措施，适当的停止设备的运行，这样也是超纯水机清洗和保护的一种方法。
除此之外，实验室超纯水机配备的压力桶也需要定期清洗，避免滋生细菌。一般情况下，压力桶外部清洗可直接用水冲洗便可以，而内部采用的是封闭式，只留有气门芯和进水口。所以，我们在清洗的时候只需要启动超纯水机，让压力桶内存储的水源循环排放即可。注意不要将手伸进去或者用其他清洗液、清洁剂来清洗。
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