特殊染色是为了显示与确定组织或细胞中的正常结构或病理过程中出现的异常物质、病变及病原体等，需要分别选用相应的显示这些成分的染色方法进行染色。
包括：胶原纤维染色（Masson等）、网状纤维染色、弹力纤维染色、肌肉组织染色（磷钨酸苏木素）、脂肪染色（苏丹III）、糖原染色（PAS）、粘液染色（PAS）等。 Masson三色染色：胶原纤维蓝色（苯胺蓝复染）或绿色（亮绿复染），肌纤维、纤维素红色，红细胞呈橘红色。
酶组织化学染色，生物化学术语，是指利用组织细胞内酶具有催化某种反应的特性来检测酶活性。
酶组织化学（Enzyme Histochemistry）是利用组织细胞内酶具有催化某种反应的特性来检测酶活性。一般是利用冻结或固定的切片，在一定的条件下（具有酶的底物等）全酶进行催化作用，产生一种可见产物，沉淀在酶所在的部位，最终通过显微镜对酶的活性进行定位或定量研究。
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