一、填充材料不同
1、C18色谱柱：键合到硅胶上的烷烃是18个碳，填充的是C18。
2、C8色谱柱：键合到硅胶上的烷烃是8个碳，填充的是C8。
二、极性不同
1、C18色谱柱：C18在极性较弱的一侧。
2、C8色谱柱：C8在弱极性较强的一侧。
三、作用不同
1、C18色谱柱：适合分析弱极性物质里极性更弱的物质。分子量较小的物质，经常用C18来进行分析和分离。
2、C8色谱柱：分析弱极性物质里极性稍强的一类物质。由于C18比C8的碳链更长，因此带来更好的保留特性。因此C8就更适合分析大分子类的物质，比如一些球蛋白等，都用C8和缓冲盐洗脱剂来配合使用。
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