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离子阱与四级杆是不同的质量分析器。离子阱重定性，可得到多级碎片，从而推导结构，常用于未知化合物结构推导，全扫描灵敏度很高，可超过TOF.四级杆或三重四级杆重定量，全扫描灵敏度低大约10到100个数量级，但是在选择离子扫描模式下灵敏度很高从而用于已知化合物定量，常用于农残、兽残、血药浓度测定。
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